চট্টগ্রামের সাউদার্ন ইউনিভার্সিটি বাংলাদেশ (এসইউবি) সরকারি আইনি নীতিমালা ও ইউজিসির নিয়ম মেনে চলতে অনীহা প্রকাশ করছে। প্রতিষ্ঠানটির বোর্ড অব ট্রাস্টিজ (বিওটি) ও একাডেমিক কাউন্সিল সরকার বা ইউজিসির কোনো আদেশই মানছে না বলে অভিযোগ উঠেছে। বরং সরকারি প্রজ্ঞাপনের বিরুদ্ধে একের পর এক হাইকোর্টে রিট করে নিজস্ব নিয়মে প্রতিষ্ঠান পরিচালনা করছে তারা। গত সাড়ে তিন বছরে সরকারি বিভিন্ন আদেশের বিরুদ্ধে প্রতিষ্ঠানটি অন্তত আটটি রিট দায়ের করেছে। শিক্ষা সংশ্লিষ্টদের মতে, এই দীর্ঘদিনের বিরোধ বিশ্ববিদ্যালয়ের প্রশাসনিক কার্যক্রম ও একাডেমিক পরিবেশে নেতিবাচক প্রভাব ফেলছে।

২০২৫ সালের ২৫ মে রাষ্ট্রপতির আদেশে আর্মি হেডকোয়ার্টার্সের ব্রিগেডিয়ার জেনারেল মো. ফারুককে বিশ্ববিদ্যালয়ের প্রশাসক নিয়োগ দেওয়া হয়েছিল। সেই নিয়োগের বিরুদ্ধে হাইকোর্টে রিট করা হলে প্রাথমিকভাবে আদেশটি স্থগিত হলেও, পরবর্তী শুনানিতে আদালত প্রশাসক নিয়োগকে বৈধ ঘোষণা করে। তবে, আদালতের নির্দেশ উপেক্ষা করে পছন্দের উপাচার্য দিয়েই দাপ্তরিক কার্যক্রম সারছে সাউদার্ন ইউনিভার্সিটি। অভিযোগ রয়েছে, আদালতের সিদ্ধান্তের পরও প্রশাসককে কার্যত দায়িত্ব পালনে সহযোগিতা করা হয়নি, আর্থিক ও প্রশাসনিক গুরুত্বপূর্ণ সিদ্ধান্তে তাকে সম্পৃক্ত করা হয়নি এবং বিভিন্ন নোটিসের অনুলিপিও দেওয়া হয়নি।

বর্তমানে বিশ্ববিদ্যালয়ের ওয়েবসাইটে ট্রেজারার ড. শরীফ আশরাফুজ্জামানকে ভারপ্রাপ্ত ভিসি হিসেবে উপস্থাপন করা হচ্ছে এবং বিভিন্ন সভা-সেমিনারে তাকে ভিসি হিসেবে বক্তব্য রাখতে দেখা যাচ্ছে। আদালতের নথি অনুযায়ী, ২০২৩ সালে সাউদার্ন ইউনিভার্সিটির বিওটি চেয়ারম্যান খলিলুর রহমানের দায়ের করা একটি রিটের ফলে শিক্ষকদের বেতন ও ইনক্রিমেন্ট-সংক্রান্ত ব্যাংকিং লেনদেন বন্ধ হয়ে যায়। একই বছর ট্রাস্টি সদস্য সরোয়ার জাহানের করা আরেকটি রিটে তৎকালীন ভিসি প্রফেসর মোজাম্মেল হকের কার্যক্রম অবৈধ ঘোষণা করে আদালত, যদিও শিক্ষা মন্ত্রণালয় ভিসি মোজাম্মেল হককে বৈধ বলে সিদ্ধান্ত দিয়েছিল। ২০২৪ সালে একই ভিসির বিরুদ্ধে আরেকটি রিট দায়ের ও মন্ত্রণালয়ে চিঠি পাঠানো হয়, যেখানে পরাজিত হয়ে আপিল বিভাগে ‘লিভ টু আপিল’ করা হয়। সবশেষ বর্তমান প্রশাসকের বিরুদ্ধেও একটি রিট ও একটি লিভ টু আপিল করা হয়েছে। সব মিলিয়ে এ পর্যন্ত আটটি রিট দায়ের করা হয়েছে, যার বেশিরভাগই করেছেন বিওটি সদস্যরা।