জাপানে মুসলিম জনগোষ্ঠীর সংখ্যা দ্রুত বৃদ্ধি পেলেও পাল্লা দিয়ে বাড়ছে মুসলিমবিদ্বেষী মনোভাব। বিশেষ করে ২০২৫ সালে ফুডিসাওয়া শহরে একটি মসজিদ নির্মাণের পরিকল্পনাকে কেন্দ্র করে ডানপন্থি রাজনীতিবিদদের উস্কানি ও সামাজিক যোগাযোগমাধ্যমের অপপ্রচার দেশটিতে নতুন অস্থিরতা তৈরি করেছে। আইনি সব প্রক্রিয়া মেনে জমি কেনা সত্ত্বেও মসজিদ নির্মাণ বন্ধের দাবিতে হাজার হাজার মানুষের স্বাক্ষর সংগ্রহ ও বিক্ষোভের ঘটনা ঘটেছে, যা জাপানের মতো সহনশীল দেশে বেশ বিরল।

মসজিদ নির্মাণের পাশাপাশি জাপানে মুসলিমদের দাফন নিয়েও তীব্র সংকট দেখা দিয়েছে। জাপানে সাধারণত মৃতদেহ দাহ করার রীতি প্রচলিত থাকায় মুসলিমদের জন্য আলাদা কবরস্থানের ব্যবস্থা করতে গিয়ে স্থানীয়দের আপত্তির মুখে পড়তে হচ্ছে। এই সংকট নিরসনে অনেক ক্ষেত্রে বৌদ্ধ ভিক্ষুদের সহায়তা নিতে হচ্ছে মুসলিমদের। রাজনৈতিক ফায়দা হাসিলের জন্য অভিবাসীবিদ্বেষী বক্তব্য ছড়িয়ে দেওয়া এবং ধর্মীয় প্রতিষ্ঠানকে অপরাধের কেন্দ্র হিসেবে উপস্থাপন করার প্রচেষ্টা জাপানের সামাজিক সম্প্রীতির জন্য বড় চ্যালেঞ্জ হয়ে দাঁড়িয়েছে।