বাংলার ইতিহাসে মুসলিম অভিবাসন একটি গুরুত্বপূর্ণ অধ্যায়, যা আলাউদ্দীন হোসেন শাহর শাসনামলে বিশেষভাবে পরিলক্ষিত হয়। প্রশাসনিক প্রয়োজনে তিনি বিপুলসংখ্যক সৈয়দ, মোগল এবং আফগানদের বাংলায় নিযুক্ত করেছিলেন। ধারণা করা হয়, এরা মূলত দিল্লির রাজনৈতিক অস্থিরতার কারণে আগত অভিজাত শ্রেণির অন্তর্ভুক্ত ছিলেন, কারণ সে সময় লোদী বংশের উত্থানে সৈয়দ রাজবংশের পতন ঘটেছিল। হোসেন শাহর দীর্ঘ শাসনামলে বাংলায় মসজিদ স্থাপত্যের যে ব্যাপক উন্নয়ন ঘটে, তা অভিবাসী মুসলমানদের ক্রমবর্ধমান জনসংখ্যা ও জনমিতিক পরিবর্তনের এক অকাট্য প্রমাণ। মসজিদগুলোর শিলালিপিতে উৎকীর্ণ প্রতিষ্ঠাতাদের নাম থেকে এই সত্যটি বিশেষভাবে পরিস্ফুটিত হয়।

হোসেন শাহর সিংহাসন আরোহণ এবং দিল্লির লোদীদের চাপে জৌনপুর সালতানাতের পতন ছিল প্রায় সমসাময়িক ঘটনা। জৌনপুরের সুলতান হোসেন শাহ শর্কী তার অনুচরসহ বাংলায় আশ্রয় নেন এবং এখানেই স্থায়ীভাবে বসতি স্থাপন করেন। পরবর্তীতে ১৫২৬ সালে পানিপথের যুদ্ধে বাবরের হাতে লোদী বংশের চূড়ান্ত পতন ঘটলে তাদেরও বাংলায় আশ্রয় খুঁজতে হয়। ফলে, বিপুলসংখ্যক আফগান অভিজাত তাদের পরিবার ও অনুসারী বাহিনী নিয়ে হোসেন শাহর উত্তরসূরি নুসরাত শাহর দরবারে আশ্রয় গ্রহণ করেন। নুসরাত শাহ এই ভাগ্যবিড়ম্বিত অভিজাতদের প্রত্যেককে নিজ নিজ পদমর্যাদা ও পূর্বাবস্থা অনুযায়ী বিভিন্ন পরগনা ও গ্রাম অনুদান হিসেবে প্রদান করেন। তিনি প্রয়াত সুলতান ইব্রাহিম লোদীর মেয়েকে বিয়ে করে এই কূটনৈতিক ও সামাজিক সম্পর্ককে আরও সুদৃঢ় করেন। আফগান ও মোগল শাসনামলেও বাংলায় বহিরাগত মুসলমানদের অভিবাসন ও বসতি স্থাপনের এই ধারা অব্যাহত ছিল। শের শাহ প্রশাসনিক সুবিধার জন্য বাংলাকে কয়েকটি সুনির্দিষ্ট অঞ্চলে বিভক্ত করেন এবং সেখানে নিজ অনুচর বাহিনীসহ বিশ্বস্তদের স্থায়ী বসতির ব্যবস্থা করেন। ঐতিহাসিকদের একাংশ মনে করেন, শের শাহ কর্তৃক সৃষ্ট এই জায়গিরগুলোই কালক্রমে ক্ষুদ্র ক্ষুদ্র স্বাধীন রাজ্যের মূল কেন্দ্রে পরিণত হয়েছিল, যা পরবর্তীকালে মোগল আগ্রাসনের মুখে পড়ে।