কওমি মাদরাসা স্থাপনের জন্য নতুন নীতিমালা প্রণয়ন এবং হাফেজিয়া মাদরাসার জন্য পৃথক কেন্দ্রীয় বোর্ড গঠনের সরকারি উদ্যোগের তীব্র বিরোধিতা করেছে কওমি মাদরাসা শিক্ষক পরিষদ। সংগঠনটির দাবি, এই ধরনের পদক্ষেপ ২০১৮ সালের কওমি মাদরাসা স্বীকৃতি আইনের সঙ্গে সাংঘর্ষিক এবং মাদরাসাগুলোর স্বকীয়তা ও স্বাধীনতা ক্ষুণ্ণ করবে।

এক বিবৃতিতে সংগঠনের নেতৃবৃন্দ জানান, কওমি মাদরাসাগুলো দীর্ঘকাল ধরে দারুল উলুম দেওবন্দের শিক্ষাদর্শ অনুসরণ করে সরকারি অনুদান ছাড়াই নিজস্ব ব্যবস্থাপনায় পরিচালিত হয়ে আসছে। বর্তমানে বিদ্যমান বোর্ডগুলো মাদরাসার নিবন্ধন, পাঠ্যক্রম, পরীক্ষা ও সনদ প্রদানসহ সব কার্যক্রম সফলভাবে পরিচালনা করছে। তাই পৃথক হাফেজিয়া বোর্ড গঠনের কোনো যৌক্তিকতা নেই।

সম্প্রতি শিক্ষা মন্ত্রণালয়ের একটি সভায় এই বিষয়ে আলোচনার কথা থাকলেও কওমি মাদরাসার সর্বোচ্চ কর্তৃপক্ষ ‘আল-হাইআতুল উলয়া’ এবং এর অধীনস্থ ছয়টি বোর্ড সেই সভায় অংশগ্রহণ করতে অস্বীকৃতি জানায়। নেতৃবৃন্দ সরকারকে এ ধরনের সিদ্ধান্ত থেকে সরে আসার এবং মাদরাসার অভ্যন্তরীণ বিষয়ে হস্তক্ষেপ না করার আহ্বান জানিয়েছেন।