বিগত আওয়ামী লীগ সরকারের আমলে গৃহীত পদ্মা সেতু রেল সংযোগ প্রকল্পে ১৩ হাজার কোটি টাকারও বেশি আর্থিক অনিয়মের তথ্য উঠে এসেছে সরকারি অডিট প্রতিবেদনে। প্রকল্পের ব্যয় অস্বাভাবিকভাবে বৃদ্ধি পাওয়ার পাশাপাশি মূল চুক্তির বাইরে অতিরিক্ত অর্থ ব্যয়, নিম্নমানের কাজ এবং প্রকৃত কাজের চেয়ে বেশি বিল পরিশোধের মতো গুরুতর অভিযোগ পাওয়া গেছে।

তৎকালীন প্রকল্প পরিচালক ও পরবর্তীতে রেলের মহাপরিচালক (ডিজি) হিসেবে দায়িত্ব পালনকারী মো. আফজাল হোসেনের বিরুদ্ধে এই অনিয়মে সরাসরি জড়িত থাকার অভিযোগ রয়েছে। অডিট আপত্তির মুখেও তাকে পদোন্নতি দেওয়া হয়েছিল বলে জানা গেছে। এছাড়া নতুন লোকোমোটিভ ও কোচ কেনায় আরও ৬৫৮ কোটি টাকার অনিয়মের অভিযোগে তার বিরুদ্ধে তদন্ত চলছে।

দুর্নীতি দমন কমিশন (দুদক) বর্তমানে আফজাল হোসেনের বিরুদ্ধে অবৈধ সম্পদ অর্জন ও বিদেশে অর্থ পাচারের অভিযোগে অনুসন্ধান চালাচ্ছে। অভিযোগ রয়েছে, তিনি সরকারি অর্থ আত্মসাৎ করে অস্ট্রেলিয়া ও সিঙ্গাপুরের ব্যাংকে সন্তানদের নামে জমা রেখেছেন। এই আর্থিক লেনদেনের তথ্য যাচাইয়ে বাংলাদেশ ফাইন্যান্সিয়াল ইন্টেলিজেন্স ইউনিটের (বিএফআইইউ) সহায়তা চেয়েছে সংস্থাটি।