সাবেক রাষ্ট্রপতি জিয়াউর রহমান হত্যাকাণ্ডের পর সামরিক আদালতে দ্রুত বিচার সম্পন্ন হলেও বেসামরিক আদালতে মামলাটি দুই দশক ধরে ঝুলে ছিল। দীর্ঘ ২০ বছরে পুলিশের অপরাধ তদন্ত বিভাগ (সিআইডি) ১৭৩ বার সময় নিয়েও শেষ পর্যন্ত কোনো অভিযোগপত্র (চার্জশিট) দাখিল করতে পারেনি। সম্প্রতি দীর্ঘ ৪৫ বছর পর পলাতক আসামি মেজর (অব.) মোজাফফর হোসেন গ্রেপ্তার হওয়ার পর এই বিচারিক দীর্ঘসূত্রতার বিষয়টি আবারও নতুন করে আলোচনায় এসেছে।

১৯৮১ সালের ৩০ মে চট্টগ্রাম সার্কিট হাউসে জিয়াউর রহমান নিহত হওয়ার পর সেনাবাহিনী নিজস্ব কোর্ট মার্শালে ১৩ জন কর্মকর্তার মৃত্যুদণ্ড কার্যকর করলেও কোতোয়ালি থানায় দায়ের করা ফৌজদারি মামলাটি আলোর মুখ দেখেনি। মামলার নথি অনুযায়ী, ২০০১ সালে সিআইডি আদালতে একটি চূড়ান্ত প্রতিবেদন জমা দিয়ে মামলাটি কার্যত নিষ্পত্তি করে দেয়। এর পেছনে ১৯৮১ সালের একটি আন্তঃসংস্থা সমন্বয় (আইসিসি) সভার সিদ্ধান্ত কাজ করেছিল বলে জানা গেছে।

তৎকালীন আইসিসি সভায় সিদ্ধান্ত নেওয়া হয়েছিল যে, সেনাবাহিনী তদন্তের দায়িত্ব গ্রহণ করলে পুলিশের আর তদন্ত চালানোর প্রয়োজন নেই। এই সিদ্ধান্তের ফলে বেসামরিক তদন্ত প্রক্রিয়া কার্যত স্থবির হয়ে পড়ে। অবশেষে ২০ বছর পর সাক্ষী ও প্রমাণের অভাব দেখিয়ে মামলাটি শেষ করে দেওয়া হয়। বর্তমানে দীর্ঘকাল পর পলাতক আসামির গ্রেপ্তারের প্রেক্ষিতে এই ঐতিহাসিক হত্যাকাণ্ডের অসম্পূর্ণ বিচারিক প্রক্রিয়া নিয়ে নতুন করে বিতর্কের সৃষ্টি হয়েছে।